Museet er indrettet som et gammelt Endelavehjem med mange gamle møbler og genstande, som er skænket eller stillet til rådighed af beboere på øen.
Museet rummer desuden en mindestue for rutebåden ”SS AGDA”, der sejlede mellem Horsens, Alrø, Hjarnø, Snaptun og Endelave. AGDA blev i 1944 minesprængt ud for Endelave, og alle 14 mennesker ombord omkom. Der findes en model af "AGDA" på museet sammen med plancher, aviser og bladudklip fra katastrofen.
Der er også etableret et lille lokalarkiv, som opdateres løbende og vi modtager gerne gamle fotos, breve osv. som relaterer til øen.
Temaudstilling på Endelave Museum er en årlig skiftende udstilling med udgangspunkt i et emne, som har haft en vis betydning for øen og dens samfund.
Endelave Museum blev grundlagt i 1984 i den gamle præstegård fra 1741 og drives af Museumsforeningen for Endelave Museum.